Церковь и молится за весь мир, и за всех людей. Просто для каждой молитвы есть своё время и своё место. То что у Вас непринимают записки с именами Ваших некрещённых родителей ещё не говорит о том, что Вы не можете за них молиться, более того Вы обязанны за них молиться, НО не на Литургии. В записки с для поминания на Таинстве Евхаристии (а это и Ектении и Проскомидии и сорокоусты), должно писать имена только членов Церкви, потому что это ТАИНСТВО к которому допускаются только верные. И потом, соборно Церковь может молиться только о своих членах, поэтому на общий молебен и не принимают записки с именами не крещённых, а вот келейно, на своей домашней молитве, Вы можете молиться о всех Ваших близких, и о том, что бы Господь привёл и их к познанию истины. Более того, если Вы захотите чтобы вместе с Вами помолился и священик, подойдите и попросите, думаю Вам не откажут.
А вот с молитвой о умерших не крещённых сложнее. Тут Церковь основывается на словах Спасителя о том, что кто не родится от воды и духа, не сможет войти в Царство Небесное, но и тут Церковь благословляет келейную молитву, только молитесь, а там как Господь управит.
И зря Вы так сразу на Церковь бочку катите
, хотя последнее время это становится недоброй традицией доброго форума